Tra il 12 e il 14 agosto 1691 scattano le retate ordinate dalla Curia napoletana per il processo degli ateisti. Giambattista Vico ripara a Vatolla per non essere coinvolto negli arresti. Al rientro a Napoli si inserisce nelle accademie cittadine, frequentando il circolo Valletta e il salotto Caravita. Ottenuta la cattedra di retorica nell’ateneo, riceve l’incarico di scrivere la storia della congiura di Macchia, che non ottiene il placet degli addetti alla censura per la rilegittimazione della rivolta di Masaniello. Riscopre la politica nel nuovo corso austriaco, sponsorizzando una politica pubblica della formazione, garantita dall’ateneo. Nella Vita di Antonio Carafa scopre il problema costituzionale per una riforma delle istituzioni in grado di ridare slancio all’economia, con una giustizia deformalizzata e un incremento del manifatturiero, programma che riprende nel De Uno, auspicando anche una riforma agraria. Dopo la sconfitta al concorso per la cattedra di Pandette (1723) scrive la Scienza Nuova, in cui condensa una sociologia dello sviluppo, con un’ermeneutica dei sistemi sociali e sostiene il suo allievo Francesco Rapolla per la cattedra di ius regni, funzionale alla ristrutturazione dei pubblici poteri, con un orientamento anti–feudale.
